Die Arbeitsgruppe Echinokokkose beschäftigt sich mit der Verbreitung, Ökologie und genetischen Identität von Fuchs- und Hundebandwurm (Echinococcus spp.) sowie anderen zoonotischen Helminthen. Studien zum Fuchsbandwurm in Mitteleuropa werden seit den 1970er Jahren am Fachgebiet durchgeführt. Gegenwärtig liegt der Fokus auf der molekularen Epidemiologie des weltweit auftretenden Hundebandwurms, der vor allem in Afrika und Asien ein erhebliches Gesundheitsproblem darstellt und von der WHO als vernachlässigter Krankheitserreger eingestuft wird. Zusätzlich beschäftigt sich die Arbeitsgruppe mit der Biodiversität von Bandwürmern in Wildtieren mit dem Schwerpunkt subsaharisches Afrika. Die Studien nutzen ein umfangreiches weltweites Netzwerk von Instituten (u. a. in zehn afrikanischen Ländern), das teilweise mit DFG-Mitteln etabliert wurde und von der Hohenheimer Arbeitsgruppe koordiniert wird.